El Tribunal Supremo, en su sentencia 988/2026, establece que la prescripción del derecho de la Administración a liquidar un período de IVA no impide que pueda comprobar los saldos de IVA pendientes de compensación generados en dicho período, cuando esos saldos se aplican posteriormente en períodos cuyo derecho a liquidar todavía no ha prescrito.
Antecedentes
El asunto se refiere a XXX, S.L. y a unas liquidaciones de IVA correspondientes a los períodos 2015 a 2018. Durante la inspección, la Administración declaró prescrito el derecho a liquidar el IVA correspondiente al primer, segundo y tercer trimestre de 2015, debido a la superación del plazo máximo de duración de las actuaciones inspectoras. No obstante, procedió a comprobar el saldo de IVA pendiente de compensación que se trasladaba al cuarto trimestre de 2015.
La cuestión planteada al Supremo consistía en determinar si, tras la reforma de la LGT operada por la Ley 34/2015, la Administración podía comprobar saldos de IVA generados en períodos prescritos cuando fueran utilizados para regularizar períodos posteriores no prescritos.
Criterio del Tribunal Supremo
El Supremo parte de la distinción entre:
- El derecho a liquidar, que está sujeto a los plazos de prescripción del artículo 66 LGT; y
- La potestad de comprobación e investigación, que tiene carácter autónomo y puede proyectarse sobre hechos o créditos fiscales originados en períodos prescritos cuando produzcan efectos en períodos no prescritos.
Esta diferenciación fue reforzada por la Ley 34/2015, mediante los artículos 66 bis y 115 LGT. El artículo 66 bis establece, en particular, un plazo de diez años para que la Administración pueda iniciar la comprobación de determinadas bases o cuotas compensadas o pendientes de compensación y deducciones.
Los saldos de IVA son créditos fiscales
Una de las cuestiones centrales era determinar si los saldos de IVA pendientes de compensación podían quedar incluidos en el artículo 66 bis LGT, puesto que técnicamente en el IVA se traslada un saldo resultante del exceso de cuotas soportadas deducibles sobre las cuotas devengadas.
El Tribunal considera que la denominación utilizada por la normativa del IVA no puede impedir la aplicación del régimen de comprobación de créditos fiscales. Desde una perspectiva sustancial, el saldo pendiente de compensación constituye un auténtico crédito fiscal, cuya aplicación afecta directamente a la deuda tributaria del período posterior.
Por tanto, estos saldos están sometidos al régimen del artículo 66 bis LGT y pueden ser comprobados respecto de su realidad y cuantía, aunque se hayan generado en períodos respecto de los cuales haya prescrito el derecho a liquidar.
Doctrina jurisprudencial
El Tribunal Supremo fija expresamente la siguiente doctrina:
Tras la reforma de la Ley 34/2015, la Administración tributaria puede comprobar los saldos de IVA pendientes de compensación generados en períodos prescritos cuando se apliquen en períodos posteriores no prescritos, siempre que la regularización de estos últimos exija verificar su realidad y cuantía y se respeten los límites del artículo 66 bis LGT.
En consecuencia, la prescripción del período en el que se originó el saldo impide liquidar dicho período, pero no impide comprobar el crédito fiscal cuando continúa produciendo efectos en un período posterior abierto a regularización.
Aplicación al caso
El Tribunal desestima el recurso de casación de XXX, S.L. y confirma la sentencia recurrida. Considera correcta la actuación inspectora al comprobar el saldo de IVA trasladado al cuarto trimestre de 2015, pese a que los tres primeros trimestres de ese año estaban prescritos.
Conclusión
La prescripción no “blinda” los saldos de IVA pendientes de compensación. Cuando un saldo generado en un período prescrito se arrastra y se utiliza en un período posterior no prescrito, la Administración puede comprobar su procedencia, realidad y cuantía, dentro de los límites temporales y materiales del artículo 66 bis LGT. La sentencia refuerza así la separación entre prescripción del derecho a liquidar y potestad de comprobación tributaria.
